| 指定年度 | 指定 | 認定 | |
| 第１回 | 昭和62年12月指定 | 39 | ─ |
| 第２回 | 昭和63年6月指定 | 35 | 10 |
| 第３回 | 平成元年6月指定 | 24 | 29 |
| 第４回 | 平成2年6月指定 | 20 | 35 |
| 第５回 | 平成3年7月指定 | 20 | 23 |
| 第６回 | 平成4年6月指定 | 11 | 27 |
| 第７回 | 平成5年5月指定 | 6 | 14 |
| 第８回 | 平成7年8月指定 | 4 | 10 |
| 第９回 | 平成8年4月指定 | 15（11） | 4（─） |
| 第10回 | 平成9年7月指定 | 9（3） | 12（4） |
| 第11回 | 平成10年6月指定 | 2 | ─ |
（ ）は指定・認定数の内、直轄河川数
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